作者の場合は、夫婦で在韓日本大使館に行き婚姻要件具備証明書を申請して、韓国の区役所にて婚姻届の提出を行い、その後また日本大使館に行き、今度は日本側の手続きをしました。日本の戸籍に配偶者が載るまで3週間ほどかかったと思います。
以下に入籍について説明している素晴らしいホームページを紹介します。

各国の大使館／領事館のホームページでも入籍方法が説明されていますので、参照してみてください。

韓国人男性と日本人女性が結婚して、韓国に住む場合の方法 　　（Masa's Room　日韓遠距離恋愛・国際結婚のＨＰだぞ！）

入籍手続きについてまとめてみました 　　（Gold's Home 日韓カップルの国際結婚記）

韓国男児と結婚する方法 　　（Russian REPORT）

在日外国人同士の結婚

中国人との結婚の手続き・流れ

タイ・国際結婚

日台カップル

国際結婚の手続き 　　（Sakura Housingの幸せ家族海外計画）

おすすめサイトを募集しています。

在中国日本大使館 > 中国人と結婚する際の手続き

在外公館　 在日外国公館
戸籍・国籍関係届の届出について
日本人と結婚し日本で生活しようとするフィリピン人の長期滞在査証

婚姻届・・・行政手続の案内・教示，様式のオンライン提供
国籍の選択について（民事局）
国際結婚，海外での出生等に関する戸籍Ｑ＆Ａ
　 私は日本人ですが，外国人と海外で結婚式を挙げました。戸籍の届出はどうすればよいのですか？
　 日本人同士が外国で婚姻をする場合は，どうすればよいのですか？

日本にて婚姻届の提出をする場合は、日本に配偶者が短期滞在で入国できるかを 入国管理局にて確認をしてください。
結婚相手がフイリピン人の場合は通常日本に入国するのに短期滞在ビザは許可されませんので日本人がフイりピンに行って婚姻することになります。向こうでは、その手続きのアドバイスする業者もあります。本人でも出来るとは思いますが。やはり専門家に依頼されるほうがいいでしょう。